Во времена Византийской империи собор находился в центре, рядом с императорским дворцом. В настоящее время находится в историческом центре Стамбула, район Султанахмет. В 1935 году он приобрёл статус музея. В 1985 году Софийский собор в числе других памятников исторического центра Стамбула был включён в состав Всемирного наследия ЮНЕСКО.

Более тысячи лет Софийский собор оставался самым большим храмом в христианском мире — вплоть до постройки Собора Святого Петра в Риме.